Para facilitar la participación, el GECEN se estructura en Secciones y Grupos de Trabajo que abarcan temas concretos. Las Secciones suelen estar dedicadas a amplios campos de actuación y los Grupos de Trabajo a tareas más concretas y delimitadas. Los socios pueden integrarse y participar en aquellas secciones o grupos que sean de su interés o, incluso, proponer y formar otros nuevos.